Sistem penjaminan mutu dikoordinasikan oleh Lembaga Penjaminan Mutu dan Pengembangan Pendidikan di tingkat universitas, tingkat fakultas, dan Gugus Penjaminan Mutu di tingkat Prodi. Implementasi standar mutu mencakup kegiatan pelaksanaan dan pemenuhan standar mutu, yang dilengkapi dengan kegiatan monitoring dan evaluasi serta audit internal. Sistem Penjaminan Mutu FIK UNY pada prinsipnya adalah upaya yang sistematis untuk peningkatan mutu pendidikan tinggi berkelanjutan. Tim Penjaminan Mutu di tingkat Fakultas anggotanya merupakan perwakilan dosen dari program studi yang telah ditetapkan melalui SK Dekan FIK UNY nomor: T/25/UN34.16/HK.03/2020 tentang daftar nama tim penjaminan mutu FIK UNY tahun 2020. Standar mutu yang dijadikan acuan oleh FIK UNY adalah standar mutu UNY yang ditetapkan dengan Peraturan Rektor UNY No 41 tahun 2019, yang terdiri dari 6 Standar yaitu: (1) Standar Pendidikan, (2) Standar Penelitian, (3) Standar Pengabdian Kepada Masyarakat, (4) Standar Kemahasiswaan dan Alumni, (5) Standar Kerjasama, dan (6) Standar Pengelolaan Sumber Daya Manusia.

Berikut ini beberapa dokumen terkait penajminan mutu di Fakultas Ilmu Keolahragaan Universitas Negeri Yogyakarta.

1. RENCANA STRATEGIS UNY 2020–2025
2. RENCANA STRATEGIS FIK UNY 2020–2025
3. PANDUAN AKADEMIK PROGRAM MAGISTER DAN DOKTOR FIK UNY
4. PANDUAN PENULISAN TESIS DAN DISERTASI FIK UNY
5. PERATURAN AKADEMIK UNY (PR_17_Tahun_2021)
6. SPMI UNY
7. SK PENJAMINAN MUTU FIK UNY