Sistem penjaminan mutu dikoordinasikan oleh Lembaga Penjaminan Mutu dan Pengembangan Pendidikan di tingkat universitas, tingkat fakultas, dan Gugus Penjaminan Mutu di tingkat Prodi. Implementasi standar mutu mencakup kegiatan pelaksanaan dan pemenuhan standar mutu, yang dilengkapi dengan kegiatan monitoring dan evaluasi serta audit internal. Sistem Penjaminan Mutu FIK UNY pada prinsipnya adalah upaya yang sistematis untuk peningkatan mutu pendidikan tinggi berkelanjutan.