Untuk kali pertama, Fakultas Ilmu Keolahragaan Universitas Negeri Yogyakarta menyelenggarakan PKKMB Program Magister dan Program Doktor, pada Sabtu 12 September 2020. Total mahasiswa S2 dan S3 yang berhasil diterima adalah 159 mahasiswa, dengan rincian S3 Ilmu Keolahragaan 31 mahasiswa, S2 Ilmu Keolahragaan 48 mahasiswa, S2 Pendidikan Kepelatihan Olahraga 43 mahasiswa, S2 Pendidikan Jasmani 37 mahasiswa.